首届高交会的成功举办，引起了海内外的高度关注，全国各地和海外客商积极踊跃地参加第二届高交会。为了满足参展商的参展需求，高交会展览中心进行了扩建，使第二届高交会的规模更大，高交会的国际化和专业化程度也迅速提高，高交会推动高新技术成果产业化、商品化的作用得到了更好的发挥。

第二届高交会于2000年10月11日－17日在扩建后的高交会展览中心举行。时任国务院副总理吴邦国出席了开幕式并致词。第二届高交会的内容由高新技术成果展示与交易、高新技术专业产品展、高新技术论坛三大部分构成。专业产品展新增了“生物技术专业产品展”和“新材料专业产品展”两个专业展，更大规模地吸引了跨国公司参展。

第二届高交会进一步突出了成果交易特色，在科技成果转化的多种途径和形式方面进行了更积极的探索，尝试性地举办了高新技术成果拍卖会，在国内首创了高新技术项目配对洽谈活动，并成立了“高新技术产权交易所”，建立了网上常设交易系统，使日常的项目征集、评审、包装、撮合交易与会期的展示、交易、洽谈互为补充，高交会“落幕”与“不落幕”交易的结合机制进一步完善。活跃的风险投资商依然是第二届高交会的一大亮点，为此，高交会进一步加强投融资中介服务，组建了高新技术产业与风险投资联盟。为了规范风险资金投资高新技术产业的行为，第二届高交会期间，深圳市出台了《深圳市创业资本投资高新技术产业暂行规定》，这是我国第一部规范创业投资行为的政府规章。第二届高交会上，大量海外留学生项目参加了展示，高交会为海外留学生项目回国创业建立了便捷的通道。高新技术论坛的专业性和涉及领域得到扩大，国际地位进一步提高。

主要数据：展览面积36000平方米，参展企业2968家，参展项目15000个，到会投资商1300家，9个外国政府团组，33个国家和地区的86个代表团，44家跨国公司，全国31个省、自治区、直辖市、5个计划单列市和港澳台地区及26所著名高校、6个国家部（院）组团参加了展示和交易，成交额85.4亿美元。有30多位包括诺贝尔奖得主、国内外著名科学家、著名跨国公司总裁等知名人士在高新技术论坛发表演讲。