连续两届高交会的成功举办，也有力地促进了中国经济发展和产业结构的调整。2001年，世界经济不景气，对我国外贸出口造成不利影响，但中国高新技术产品的出口大幅增长，有力地拉动了全国的外贸增长。第三届高交会的成功举办，对进一步促进我国高新技术产品出口，优化我国出口商品结构和产业结构、拉动经济增长，发挥了十分重要的作用。

2001年10月12日至17日，第三届高交会在高交会展览中心和深圳市市民中心举行。时任国务委员吴仪出席了开幕式并致词。第三届高交会的内容由高新技术成果交易、高新技术专业产品展示与交易、高新技术论坛三大部分构成。

第三届高交会新增了国家发展计划委员会为主办单位，农业部、中国工程院为协办单位，使高交会组织实力更强，展览规模更大，专业主题进一步突出。第三届高交会除使用高交会展览中心外，还使用了建设中的深圳市市民中心作为展览场地，专业展方面又新增了农业高新技术及产品展。

第三届高交会在前两届成功交易的基础上,不断完善成果交易形式，创新推出了创业型企业投资洽谈活动，积极探索“高交会——技术产权交易——创业板市场”一条龙科技创业新模式，以形成以技术产权产易与创业投资为核心的新型资本市场，构筑符合国情并具特色的中国科技成果交易体系。同时，将高交会的优势与各省市的科技、人才、信息资源结合起来，并在时间和空间上进行延伸，分别于4、6月在北京、湖北等地开展了异地项目配对洽谈活动。初步确定了“商业运作与政府推动相结合，成果交易与风险投资相结合，技术产权交易与资本市场相结合，落幕与不落幕的交易相结合，成果交易与专业产品展相结合”的高交会五大原则。高新技术论坛层次进一步提高，包括英国科技部长、诺贝尔奖得主在内的一大批国内外著名经济学家、科学家、企业家及政要登台演讲。

为了便于参展商安排参展事宜，高交会组委会决定，从第三届起，高交会的举办时间固定为每年的10月12日至17日。

主要数据：展览面积50000平方米，参展企业3320家，参展项目15404个，到会投资商1661家，11个外国政府团组，37个国家和地区的85个代表团，41家跨国公司，全国31个省、自治区、直辖市、4个计划单列市和港澳台地区及30所著名高校，7个国家部（委、院）组团参加了展示和交易，成交额104.18亿美元。论坛演讲人数超过60人。另据智诚友邦信息咨询有限公司调查，本届高交会的参观者中，专业观众比例达41.87%